W roku 1230 na kapitule generalnej św. Antoni zrzekł się urzędu prowincjała (ministra) i udał się do Padwy. Był zupełnie wycieńczony. Nadto zachorował na wodną puchlinę. Opadając z sił, zatrzymał się w klasztorku w Arcella, gdzie przy śpiewie: O gloriosa Virginum wieczorem w piątek, 13 czerwca 1231 roku, oddał Bogu ducha mając zaledwie 36 lat. Pogrzeb jego był jedną wielką manifestacją. Pochowano go tymczasem w Padwie w kościółku Matki Bożej. W niecały rok, dnia 30 maja 1232 roku, papież Grzegorz IX zaliczył go w poczet świętych. O tak rychłej kanonizacji zadecydowały rozliczne cuda i łaski, jakich wierni na grobie św. Antoniego doznawali. Komisja papieska stwierdziła w tak krótkim czasie: 5 uzdrowień z paraliżu, 7 wypadków przywrócenia niewidomym wzroku, 3 głuchym słuchu, 2 niemym mowy, uzdrowienie 2 epileptyków i 2 wypadku wskrzeszenia umarłych.
